Fuentes de Nava es un pueblo localizado sobre unos leves tesos cerca de la laguna de la Nava, que se extiende al este del núcleo en una amplia zona completamente llana de las campiñas de Tierra de Campos, comarca en la que se encuentra Fuentes. Esta zona llana está ocupada actualmente por cultivos de regadío y recorrida por numerosos arroyos. El ramal de Campos del Canal de Castilla discurre por el este del núcleo, sirviendo también a regadíos.

El núcleo se sitúa en una encrucijada de carreteras en todas las direcciones. Hacia el este a Becerril, hacia el NE a Paredes de Nava, al NW a Frechilla, al W a Autillo de Campos y al sur a Mazariegos y Castromocho.