Su topónimo proviene del latín “fontes” con significado de manantiales, existiendo innumerables homónimos en toda España. A ese “lugar de fuentes” se le añadió en 1872 el anexo “de Nava” debido a estar ubicado el pueblo en esa laguna.

Anteriormente se denominó Fuentes de Don Bermudo, acaso como encomienda de Toledo al noble Bermudo, por cierto, antropónimo godo.
Ya a mediados del siglo XIV, conforme de Becerro de los Behetrías de Castilla, disponía Fuentes de cinco iglesias dedicadas a Santa María, San Pedro, San Miguel, San Pelayo y San Román.

Parece que la villa se encontró amurallada en su día, aunque la cerca no tuviera mucha calidad. Así en la localidad conserva uno de sus postigos, en el rincón del “Corro del postigo” donde se guarda en un altillo un humilladero-balconada que guarda a la Virgen del Postigo, y a la que se encomendaban las mujeres encintas y los viajeros.

Su casco urbano es amplio, con varias plazas y plazoletas, calles amplias, casonas palaciales y edificios nobles modernistas.
El entorno de Fuentes es uno de los humedales más destacados de Castilla y León en el que aparecen, según la época, varias especies de aves acuáticas que cruzan la Península en sus migraciones anuales.

En torno a 1726 nació en Fuentes Roque Martín Merino, que fuera obispo de Teruel.

En su caserío destaca la torre de la iglesia de San Pedro, conocida por sus 65 metros de altura como la “Linterna de Campos”, torre renacentista del siglo XVI y rematada por una impresionante linterna hexagonal. Es digno de admirar su retablo mayor, atribuido al gran Juan de Balmaceda; dispone de tallas y pinturas de Alonso Berruguete, Manuel Álvarez y Juan de Villoldo. Además, una interesante pintura de Santo Domingo de 1647, una cruz gótica de los inicios del siglo XVI, una escultura gótica de la Virgen con el niño, etc.

Su otra iglesia, la de Santa María, es un edificio del siglo XVI, portada de la Epístola de estilo Reyes Católicos, Cristo gótico del S. XVI traída de la vieja iglesia de San Román, escultura de San Vicente Ferrer, otra de San Sebastián, pintura del Entierro de Cristo de fines del XVI y, sobre todo, una escultura de la asunción de Alejo de Vahía.

En las dos iglesias se mantienen dos interesantes órganos ibéricos, obras del burgalés Tadeo Ortega de finales del S. XVIII.
Fuentes disponía a finales del S. XVI de más de 2500 habitantes, a mediados del siglo XVIII de 2372, en 1900 de 2042, en 1930 de 1895, en 1960 de 1464 y en 2005 de 776.